Pengadilan Tata Usaha Negara (PTUN) Palangka Raya dibentuk berdasarkan Keputusan Presiden Republik Indonesia Nomor 02 Tahun 1997 tanggal 29 Januari 1997 dan mulai beroperasi sejak tanggal 29 Oktober 1998 ditandai dengan peresmian penggunaan gedung PTUN Palangka Raya oleh Menteri Kehakiman Republik Indonesia. Terbentuknya PTUN Palangka Raya tidak dapat dilepaskan dari proses pembentukan Peradilan Tata Usaha Negara di Indonesia. Hal tersebut diawali dengan lahirnya Undang-Undang No. 5 Tahun 1986 tentang Peradilan Tata Usaha Negara yang diundangkan tanggal 29 Desember 1986, namun peradilannya baru dibentuk dan beroperasi setelah lima tahun kemudian. Hal mana disebutkan dalam Bab VII Pasal 145 beserta penjelasannya yang berbunyi sebagai berikut :

“Lingkungan Peradilan Tata Usaha Negara ini merupakan lingkungan peradilan yang baru, yang pembentukannya memerlukan perencanaan dan persiapan yang matang oleh Pemerintah mengenai prasarana dan sarana baik materiil maupun personil. Oleh karena itu pembentukan pengadilan di lingkungan Peradilan Tata Usaha Negara tidak dapat dilakukan sekaligus tetapi secara bertahap. Setelah Undang-undang ini diundangkan, dipandang perlu pemerintah mengadakan persiapan seperlunya.

Untuk mengakomodasikan hal tersebut maka penerapan Undang-Undang ini secara bertahap dalam waktu selambat-lambatnya lima tahun sejak Undang-Undang ini diundangkan diatur dengan Peraturan Pemerintah”.

Sesuai dengan amanat UU No.5/1986 tersebut, maka pada tanggal 14 Januari 1991 Pemerintah menerbitkan Peraturan Pemerintah (PP) Nomor 7 Tahun 1991 tentang Penerapan UU No. 5 Tahun 1986 tentang PERATUN, yang sekaligus merupakan awal beroperasinya PERATUN di Indonesia.Untuk menandai tonggak sejarah tersebut maka tanggal 14 Januari dijadikan HUT PERATUN yang diperingati setiap tahun oleh jajaran PERATUN di seluruh Indonesia.

Pada awal beroperasinya PERATUN, waktu itu baru terbentuk 5 (lima) PTUN berdasarkan Keppres No. 52 tahun 1990 yaitu : PTUN jakarta, PTUN Medan, PTUN Palembang, PTUN Surabaya dan PTUN Ujung Pandang, sedangkan PTUN Palangka Raya terbentuk pada tahap-tahap selanjutnya dengan tujuan pemerataan kesempatan memperoleh keadilan dan perlindungan hukum di seluruh wilayah NKRI serta tercapainya penyelesaian perkara secara sederhana, cepat dan biaya ringan.

Sesuai dengan tugas pokok dan fungsi Peratun sebagai salah satu pelaksana kekuasaan kehakiman untuk memeriksa dan memutus sengketa Tata Usaha Negara, PTUN Palangka Raya dalam usianya yang ke12 tahun (sejak tahun 1998 s.d 2008), hingga saat ini telah menerima gugatan sebanyak 82 perkara dengan jenis kasus yang bervariasi. Antara lain adalah kasus pertanahan, kepegawaian, perizinan, lelang dan kasus kepala Desa/Lurah.